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马聪实验室主要关注突触前膜活性区域（active-zone）调控突触囊泡分泌的重要蛋白大分子机器的组装，结构，功能以及相互调控的分子机制，在突触囊泡的拴系（tethering），锚定（docking），成熟（priming）和释放（fusion）的连续过程中建立完整的分子模型。